Was ist TumorDiagnostik?
Alle Tumorerkrankungen sind den genetisch bedingten Erkrankungen zuzuordnen. Grundsätzlich führen bestimmte Varianten im Erbgut dazu, dass vormals normale Zellen eines Gewebes unkontrolliert wachsen. Tumorerkrankungen sind leider sehr häufig (>450.000 Neuerkrankte / Jahr). Die meisten Tumore entstehen spontan und betreffen Menschen mit steigender Erkrankungswahrscheinlichkeit bis ins hohe Alter. Seltener ist die Neigung zu einer bestimmten erblich bedingten Tumorerkrankung mit vielen Betroffenen in einer Familie.
Das Zentrum für Humangenetik Tübingen bietet sowohl im Bereich der erblichen Tumorerkrankungen als auch für die Versorgung akut Erkrankter umfangreiche Diagnostik und Beratung an. Die Fragestellung bei erblichen Erkrankungen ist das Auffinden einer ursächlichen genetischen Veränderung in der Familie mit dem Fokus auf Beratung und Prävention. Bereits erkrankte Personen profitieren von der Sequenzierung einer Probe des Tumors, mit dem Ziel, aus dem individuellen genetischen Profil angepasste Therapieoptionen abzuleiten.
UNSER DIAGNOSTIK-ANGEBOT IM ÜBERBLICK
Das Zentrum für Humangenetik Tübingen deckt alle relevanten genetischen Untersuchungen im Bereich der Tumordiagnostik ab. Eine Beratung im Vorfeld wird unbedingt empfohlen und Ihnen gerne angeboten. Je nach Fragestellung werden dann entsprechend unterschiedliche Materialien, Technologien und Analysestrategien genutzt.
Leistungsumfang der Tumordiagnostik
Relevante Untersuchungsergebnisse werden grundsätzlich in einem Befundbrief aufgelistet und den verantwortlichen ärztlichen Kolleginnen und Kollegen zugesandt. Einige Leistungen, wie z. B. die Fusionsgenanalyse, können einzeln oder gemeinsam mit dem somatischen Tumor-Panel zur Therapieentscheidung angefordert werden. Wenn möglich, sollen die Ergebnisse im Rahmen eines molekularen Tumorboards eingeordnet und Therapieoptionen fachübergreifend erörtert werden. Im somatischen molekulargenetischen Befund können je nach angeforderter Leistung folgende Ergebnisse aufgeführt werden:
- Auflistung der wichtigsten molekulargenetischen Marker des untersuchten Tumors
- Therapierelevante und/oder ursächliche Keimbahnveränderungen
- Bestimmung des Tumorgehalts (pathologisch, bioinformatisch)
- Prüfung der für die jeweilige Tumorentität typischen Varianten (vorhanden oder fehlend)
- Tumormutationslast (TMB)
- Mikrosatelliteninstabilität (MSI)
- Homologe Rekombinationsdefizienz (HRD)
- Nachweis von viraler Beteiligung (HPV/EBV/MCV/CMV)
- Nachgewiesene strukturelle Varianten aus DNA- und ggf. RNA-Analysen
- Auflistung einzelner therapierelevanter somatischer Varianten (SNV/small Indel sowie Kopienzahlveränderungen) und darauf abgestimmte potenzielle Therapieoptionen
- Auflistung aller in Frage kommender Medikamente mit EMA und/oder FDA-Zulassung für deren Anwendungsoption entsprechende Biomarker im Tumor nachgewiesen werden konnten. Kenntlich machen von potentiellen Resistenzen, die die Wirksamkeit beeinflussen könnten.
- Übersichtliche Informationen zu Zulassungskriterien, Restriktionen und Wirkstoffkombinationen laut EMA/FDA
- Grafische Darstellung des HRD- und TMB-Wertes sowie der von Varianten betroffenen biologischen Signalwege und des Coverage-Profils (Kopienzahlveränderungen)
- Bestimmung von pharmakogenetisch relevanten Keimbahnvarianten, die die Verstoffwechselung bestimmter Tumormedikamente oder Narkosemittel beeinflussen
- Bestimmung des Vorliegens einer CHIP (Klonale Hämatopoese von unbestimmtem Potential)
- Anschlussdiagnostik und Empfehlungen
Der Keimbahnbefund zur Abklärung erblicher Tumorerkrankungen entspricht in seinem Umfang dem Befund der Panel- bzw. Einzelgen-Diagnostik.
Allgemeine Informationen zur TuMORDiagnostik
Unter dem Begriff „Tumor“ (oder „Krebs“) wird eine sehr große und heterogene Gruppe von unterschiedlichen Erkrankungen zusammengefasst. Allen gemein ist, dass Zellen eines bestimmten Gewebes, aufgrund von pathogenen Varianten (Mutationen) in der DNA, in unkontrolliertes Wachstum verfallen. Die meisten Tumorerkrankungen treten spontan auf und die Erkrankungswahrscheinlichkeit steigt mit dem Alter eines Menschen an. Bis zu 15 % der Betroffenen (abhängig von der Art des Tumors) weisen jedoch auch Veränderungen in der Keimbahn auf, sodass in diesen Familien eine signifikante Häufung von Tumorerkrankungen zu beobachten ist. Die genetische Diagnostik umfasst daher zwei breite Hauptaufgabenfelder:
In der Keimbahnanalyse wird nach eingehender humangenetischer Beratung nach der molekularen Ursache für die familiäre Erkrankung gesucht. Auch prädiktive Untersuchungen nicht akut erkrankter Personen mit einer auffälligen Häufung von Tumorerkrankungen in der Familie sind möglich.
Das Ziel der somatischen Tumordiagnostik ist festzustellen, welche Veränderungen einen individuellen Tumor antreiben, da diese Varianten auch die potenziellen Hebel für eine Therapie darstellen. Hierbei wird ein sog. Tumor-Normal Abgleich durchgeführt. Ziel dieses Abgleichs ist die Identifizierung der genetischen Varianten, die den Tumor vom unveränderten Normalgewebe unterscheiden.
Für die somatische Diagnostik auf Basis des CancerEssential®-Panels (Molekularpathologie), für die Fusionsgenanalyse auf RNA Ebene sowie für unsere ultra-sensitiven Analysen zellfreier Tumor-DNA wird kein Tumor-Normal-Abgleich benötigt. Das CancerEssential®-Panel fokussiert die Analyse gezielt auf wenige Gene, die in verschiedenen Tumorarten typische Mutationen aufweisen und listet relevante Treibermutationen aus.
Die Fusionsgenanalyse kann nur mit Einschränkungen anhand der DNA eines Tumors erfolgen. Eine effizientere Detektion kann aus der Abschrift der Tumor-DNA, der sog. Tumor-RNA, erfolgen. Für die Analyse therapierelevanter Fusionen haben wir daher ein eigenes Produkt etabliert, das auf der Tumor-RNA basiert und daher Fusionsgene deutlich umfangreicher und exakter detektieren kann.
Oft ist eine Biopsie und damit die direkte Analyse des Tumormaterials nicht möglich. In diesem Fall kann eine Analyse der zellfreien DNA (cf-DNA), beispielsweise aus dem Blut der Patientin oder des Patienten, erfolgen. Da im Vergleich zu einer Tumor-Probe deutlich weniger Tumor-DNA erwartbar ist, muss die Nachweisgrenze für relevante Mutationen viel kleiner sein. Dafür haben wir ein Anreicherungssystem entwickelt, das auf molekularen Barcodes (Unique Molecular Identifiern) basiert, und eine ultrasensitive Analytik für ausgesuchte Treibermutationen erlaubt.
IHRE DIAGNOSTIK-OPTIONEN IM VERGLEICH
| Angebot | Erbliche Tumorerkrankungen | CancerPrecision® | Fusionsgenanalyse | CancerEssential® | CancerPrecision® (cf-DNA) | CancerDetect® (cf-DNA) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Analysetyp | Keimbahnanalyse, genomische DNA | Somatische Analyse, genomische DNA | Somatische Analyse, Tumor-RNA | Somatische Analyse, genomische DNA | Somatische Analyse, zellfreie DNA | Somatische Analyse, zellfreie DNA |
| Probenart | Blut | Blut + FFPE, Fresh-Frozen Biopsiematerial, Tumorobjektträger | FFPE, Fresh-Frozen Biopsiematerial, Tumorobjektträger | FFPE, Fresh-Frozen Biopsiematerial, Tumorobjektträger | Blut + LIQUID BIOPSY (Blut, Ascites, Liquor) | LIQUID BIOPSY (Blut, Ascites, Liquor) |
| Abrechenbarkeit | GKV/Private KV/Selbstzahler | GKV/Private KV/Selbstzahler | GKV/Private KV/Selbstzahler | GKV/Private KV/Selbstzahler | Selbstzahler | Selbstzahler |
| Analysebeschreibung | Vollständige molekulargenetische Untersuchung der angeforderten Gene des Panels | Vollständige molekulargenetische Untersuchung der relevanten Gene des Panels , ggf. Auslistung therapierelevanter und krankheitsursächlicher Keimbahn-Varianten | Detektion von definierten Fusionen und Fusionen von relevanten Genen mit unbekanntem Fusions-Partner. Zusätzlich Nachweis therapierelevanter Transkriptvarianten. | Vollständige molekulargenetische Untersuchung der angeforderten Gene des Panels inkl. aller Fusionsgene | Vollständige molekulargenetische Untersuchung der relevanten Gene des Panels , ggf. Auslistung therapierelevanter und krankheitsursächlicher Keimbahn-Varianten | Hot-Spot-Mutation Panel mit UMI (unique molecular identifier) Adaptern zur sicheren Detektion extrem niederfrequenter Varianten in therapierelevanten Genen nach ultra deep sequencing. |
| Produktinformation | 116 Gene-Panel in 21 Sub-Panel gruppiert. Der Sequenzierung liegt ein Exom zugrunde | 749 Gene-Panel, zusätzlich ausgesuchte Fusionen in 33 Genen. Erweiterbar um Fusionsgenanalyse (RNA) | Mehr als 150 Gene für den Nachweis von Fusionen und über 120 Exon-Exon spezifische Anreicherungen mit bekannten Bruchpunkten. Kombinierbar mit CancerPrecision. | 53 Gene-Panel in 13 Sub-Paneln gruppiert, zusätzlich ausgesuchte Fusionen in 9 Genen. Optional: MSI PCR-Analyse | 749 Gene-Panel, zusätzlich ausgesuchte Fusionen in 33 Genen | 36 Gene-Panel mit mehr als 50 Hot-Spot-Mutationen in allen relevanten Exons. |
| Tumor-Normal-Abgleich | NA | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| Detaillierte Auflistung von Medikamentenoptionen | NA | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja |
| Detektionsschwelle (NAF) | 5% | 5% | NA | 5% | 5% | 0,25% |
| Minimaler benötigter Tumorgehalt | NA | 20% | 20% | 20% | 20% | 1% |
| SNV & INDELS | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja |
| Kopienzahlveränderungen (NGS) | Ja | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| Kopienzahlveränderungen (MLPA/qPCR) | Ja (optional) | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein |
| TMB | NA | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| MSI | NA | Ja | Nein | Ja (Auftragserweiterung, zus. Material nötig) | Ja | Nein |
| HRD | NA | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| Fusionsgenanalyse / Strukturelle Varianten | NA | Ja (aus DNA) | Ja (aus RNA) | Ja (aus DNA) | Ja (aus DNA) | Nein |
| HPV/EBV/MCV/CMV Infektion | NA | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| Pharmakogenetik Varianten (Auswahl) | Nein | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| CHIP-Detektion | Nein | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
| Darstellung von biologischen Signalwegen und des Coverage Profils (Kopienzahlveränderungen) | NA | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein |
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